Nella maggior parte dei casi, il grado di contaminazione dell'acqua da parte dei germi non è visibile a occhio nudo. Un bicchiere d'acqua può contenere da poche migliaia a diversi milioni di germi e sembrare ancora limpido. Pertanto, senza un laboratorio completamente attrezzato, la carica di germi può essere solo stimata. Inoltre, le temperature superiori a 21 gradi Celsius possono ridurre significativamente l'efficacia della soluzione di biossido di cloro. Per escludere in modo affidabile la contaminazione residua da germi, nella pratica il biossido di cloro viene spesso sovradosato in modo significativo. Questo può raggiungere da due a dieci volte i valori indicati nella tabella. È stato dimostrato che ciò non ha effetti collaterali sulla salute. Il principio attivo del biossido di cloro si decompone in acqua innocua, ossigeno e una minima quantità di sale comune oppure fuoriesce parzialmente nell'ambiente (degassamento). Pertanto, soprattutto con quantità e dosi di acqua più elevate, è bene lavorare sempre in locali ben ventilati.