Çoğu durumda, suyun mikroplarla kirlenme derecesi çıplak gözle görülemez. Bir bardak su, birkaç bin ila birkaç milyon mikroplu olabilir ve yine de temiz görünebilir. Tam donanımlı bir laboratuvar olmadan, mikropların yükü sadece tahmin edilebilir. Ayrıca, 21 santigrat derecenin üzerindeki sıcaklıklar, klor dioksit çözeltisinin etkinliğini önemli ölçüde azaltabilir. Kalan mikropları güvenilir bir şekilde ortadan kaldırmak için, pratikte genellikle çok fazla klor kullanılır. Bu, tabloda belirtilen değerlerin iki ila on katına ulaşabilir. Bunun sağlık üzerinde herhangi bir yan etkisi olmadığı kanıtlanmıştır. Etkin madde olan klor dioksit, ya zararsız su, oksijen ve çok az miktarda sofra tuzu olarak ayrışır ya da kısmen çevreye kaçar (gaz çıkışı). Bu nedenle, özellikle büyük miktarlarda su ve dozajlarda, her zaman iyi havalandırılan odalarda çalışılmalıdır.