Metilen mavisi kimya, biyoloji, tıp ve boyama teknolojisinde kullanılır. Wikipedia'ya göre, tıpta diğer şeylerin yanı sıra sıtmayla mücadele etmek için kullanılmıştır. Ayrıca hidroksiklorokin ve klorokin için bir öncü olarak kullanılır. Mikroskopide, belirli doku türlerinin seçici olarak boyanması için kullanılır. Örneğin akvaryumculukta, hastalığa neden olan bakteri, mantar ve parazitleri pahalı çiftlik balıklarından uzak tutmak için dezenfektan olarak kullanılır. Balıkların çok daha canlı ve enerjik oldukları ve daha uzun yaşadıkları görülüyor. En küçük miktarlarda bile kağıt ve tekstil ürünlerini çok yoğun bir şekilde renklendirir.