Methylenblåt bruges inden for kemi, biologi, medicin og farveteknologi. Ifølge Wikipedia er det bl.a. blevet brugt i medicin til at bekæmpe malaria. Det bruges også som forstadie til hydroxyklorokin og klorokin. I mikroskopi bruges det til selektiv farvning af visse typer væv. I akvaristikken bruges det f.eks. som desinfektionsmiddel til at holde sygdomsfremkaldende bakterier, svampe og parasitter væk fra dyre opdrætsfisk. Fiskene ser ud til at være meget mere vitale og energiske og lever længere. Det farver papir og tekstiler meget intensivt, selv i de mindste mængder.