Le bleu de méthylène est utilisé en chimie, en biologie, en médecine et dans les techniques de coloration. En médecine, il a été utilisé, entre autres, pour lutter contre la malaria, selon Wikipedia. Il sert également de précurseur à l'hydroxychloroquine et à la chloroquine. En microscopie, il est utilisé pour la coloration sélective de certains types de tissus. En aquariophilie, par exemple, il est utilisé comme désinfectant pour éloigner les bactéries, les champignons et les parasites pathogènes des poissons d'élevage coûteux. Les poissons semblent alors être beaucoup plus vigoureux, plus énergiques et vivre plus longtemps. Même en très petites quantités, il colore le papier et les textiles de manière très intense.