Il blu di metilene è utilizzato in chimica, biologia, medicina e nella tecnologia della tintura. Secondo Wikipedia, in medicina è stato utilizzato, tra l'altro, per combattere la malaria. Serve anche come precursore dell'idrossiclorochina e della clorochina. In microscopia viene utilizzato per la colorazione selettiva di alcuni tipi di tessuto. In acquariofilia, ad esempio, aiuta come disinfettante a tenere lontani batteri, funghi e parassiti patogeni dai costosi pesci d'allevamento. In questo modo i pesci sembrano essere molto più vitali, più energici e vivere più a lungo. Anche in quantità minime, colora la carta e i tessuti in modo molto intenso.