En la mayoría de los casos, el grado de contaminación del agua con gérmenes no es detectable a simple vista. Un vaso de agua puede contener desde varios miles hasta varios millones de gérmenes y, sin embargo, parecer limpio. Por lo tanto, sin un laboratorio completamente equipado, la carga bacteriana solo puede estimarse. Además, las temperaturas superiores a 21 grados centígrados pueden reducir considerablemente la eficacia de la solución de dióxido de cloro. Para descartar de forma fiable la contaminación residual por gérmenes, en la práctica se suele utilizar una dosis de cloro claramente excesiva. Esta puede alcanzar entre dos y diez veces los valores indicados en la tabla. Se ha demostrado que esto no tiene efectos secundarios para la salud. El dióxido de cloro se descompone en agua inocua, oxígeno y una mínima cantidad de sal común, o se escapa parcialmente al ambiente (desgasificación). Por lo tanto, especialmente cuando se trabajan con grandes cantidades de agua y dosis elevadas, se debe trabajar siempre en espacios bien ventilados.