Dans la plupart des cas, le degré de contamination de l'eau par des germes n'est pas visible à l'œil nu. Un verre d'eau peut contenir plusieurs milliers, voire plusieurs millions de germes, tout en ayant l'air propre. Sans un laboratoire entièrement équipé, la charge microbienne ne peut donc être qu'estimée. De plus, des températures supérieures à 21 °C peuvent réduire considérablement l'efficacité de la solution de dioxyde de chlore. Afin d'exclure de manière fiable toute contamination bactérienne résiduelle, le chlore est souvent nettement surdosé dans la pratique. Cela peut atteindre deux à dix fois les valeurs indiquées dans le tableau. Il a été prouvé que cela n'a aucun effet secondaire sur la santé. Le dioxyde de chlore, substance active, se décompose soit en eau inoffensive, en oxygène et en une quantité infime de sel de cuisine, soit s'échappe en partie dans l'environnement (dégazage). C'est pourquoi il convient de toujours travailler dans des pièces bien ventilées, en particulier lorsque les quantités d'eau et les dosages sont importants.