La mayoría de las veces, el grado de contaminación por gérmenes del agua no puede apreciarse a simple vista. Un vaso de agua puede contener desde unos pocos miles hasta varios millones de gérmenes y seguir pareciendo transparente. Por eso, sin un laboratorio totalmente equipado, la carga de gérmenes sólo puede estimarse. Además, las temperaturas superiores a 21 grados Celsius pueden acortar considerablemente la eficacia de la solución de dióxido de cloro. Para excluir de forma fiable la contaminación residual por gérmenes, en la práctica se suele sobredosificar considerablemente el dióxido de cloro. Esta puede alcanzar de dos a diez veces los valores indicados en la tabla. Se ha demostrado que esto no tiene efectos secundarios para la salud. El principio activo dióxido de cloro o bien se descompone en agua inocua, oxígeno y la mínima cantidad de sal común o bien se escapa parcialmente al medio ambiente (desgasificación). Por ello, especialmente con cantidades y dosis de agua más elevadas, trabaje siempre en locales bien ventilados.